一、 第一大难题：面临会员单位的定位不清、战略不明难题
药店联盟的会员单位，都是中小连锁企业，很多本身就不知道自己以后的路该怎么走，其发展路径、发展战略、企业定位不清晰，只想从联盟中得到一些低价产品或 者得到一些资讯、培训等其它好处。因此全国性联盟和区域联盟都将面临这样的问题：一盘散沙的会员执行力；联盟对会员没有约束力的会员制；雷同的产品品类和 没有利润的低价产品（这与联盟为了营运和利润必须加价销售，加价少没有利润，多了会员又觉得价格高而越过联盟直接向厂家采购）；会员参与多家联盟以规避竞 争的投机去巧行为；会员不知道自己需要什么，因此对联盟永远的不满意状况等。这些都是中小连锁的短期内会长期存在的问题，短期内较难解决。
二、 第二大难题：联盟本身的定位不清晰问题
笔者一直的观点是：连锁药店行业不缺医药公司作为其供应商，因此决不能把联盟做成医药公司，否则联盟就没有核心竞争力。中国目前还有13000多家医药公司；这些医药公司具有价格竞争力、快速配送到位能力、品种齐全、区位优势等。联盟在这方面没有竞争力。
联盟要构建自己的核心竞争力或者优势，必须从以下几个方面入手：
构建差异化的品类。必须是独家品类、独家厂家、独家规格的自有品牌或者总代理品牌供应商。舍此别无他途。目前可行的品类是药妆品、便携式器械、保健食品、非基药目录内独家品种、品牌产品的独家品规等。
联盟还必须能带领会员带来价值：如提升管理理念和水平、提供管理咨询输出服务、提供系列高水平的培训，会员也必须为此买单。天下没有掉下来馅饼，服务需要成本。
如果联盟仅仅是为了销售一些低价普药产品而联采，则是自己的定位不清晰的表现。必须明白你和一般的医药公司不一样，你必须有所不为才能有所为。
三、 联盟面临新医改冲击和品牌厂家渠道终端整合冲击
大家可能大家都意识到了，目前联盟的高毛利产品，基本上是基本药物目录内产品为主，其次还有很多则都是品牌产品的拦截型产品。
这就使得联盟和药店一样，一是面临基药物目录内产品在药店销售份额越来越小，逐步退出药店或者不再成为主流品类问题 的困扰。以后的连锁药店目标顾客群，老年慢性病患者将随着新医改流失到社区卫生机构，他们需要的产品可以免费或者极低的价格从社区卫生机构得到，联盟就必 须跟踪改变自己的品类架构。而一些专家还在建议联盟以老年人慢性病产品为主销售，这是误导。对于基药目录内产品销售状况变化，联盟业务专人跟踪研究和做出 及时的引导和调整。
同时药店也面临品牌厂家强力渠道控制冲击。价格战不被品牌厂家认可，中小连锁惯用的竞争手段就是价格战，你搞价格战就会失去品牌厂家的销售支持，而没有品牌厂家的促销支持，仅凭自有品牌和高毛利产品大力支撑促销，高毛利也就变成了低毛利。
目前的联盟成员，大都是小连锁企业，既无能力也不愿意承诺一个品牌产品的销售量，会员间也无法统一进行一些市场运作和营销From EMKT活动活动，因此基本上得不到品牌厂家的支持和让利是必然现象。
四、 联盟内部的管理营销力和约束力缺乏
在一个弱小中小连锁药店市场上，每一个省都要组建一个到两个联盟，市场有无这么大的容量不得而知。何况各地医药公司 也在做联盟，他们先天就有产品优势。由于联盟增多，加上内部要相互争夺会员，必然是通过没有利润的价格战、服务战争夺会员，会员没有准入门槛的脚踩多只船 的不忠行为。都在冲击着联盟。
联盟必须是公司制运作，必须是独立的公司，联盟对会员必须有强有力的约束监控、制裁能力，这就要求会员都必须投资入 股和尽一定责任义务。联盟还必须有自己的强有力的管理营运总部，有优秀愿意为联盟尽职尽责的职业经理人，而很小销售规模的联盟公司和低价的产品群，使得联 盟又难以给高水平的CEO及其管理团队较高的待遇，结果是联盟运作都非常困难。
改变以上状况唯一可走的路是会员都是股东，必须都出资，同时都尽义务，都必须销售联盟的足够多的产品，先让联盟做大做强，才能提供更多的超值服务。才能差异化规避会员和其它非会员的竞争。